Estniska närings- och kommunikationsministeriet har dragit Tallink Grupp och rederiets dotterbolag Hansatee Cargo inför rätta och kräver EEK 33,5 miljoner (EUR 2,14 miljoner) för obetalda farleds- och isbrytningsavgifter för åren 2003 och 2004. Tallink Grupp motsatte sig att en förordning utfärdad av ministeriet använts som grund för avgifterna, eftersom statliga avgifter enligt den estniska konstitutionen skall vara lagstadgade. En lagändring tillkom den 1 juli 2004 och sedan dess har Tallink Grupp erlagt farleds- och isbrytningsavgifter.Tallink Grupp har i sin tur inlett en domstolsprocess för att kräva tillbaka de EEK 38,1 miljoner (EUR 2,44 miljoner) i farleds- och isbrytningsavgifter, som rederiet har betalat under åren 1999–2002.