Paldiski Lõunasadam (Paldiski South harbour) som ingår i AS Tallinna Sadam, fungerar inte längre som passagerarhamn. Gångbron vid terminalen har monterats ned och hamnen försöker nu hyra ut passagerarutrymmena i terminalen. Tallink opererar inte längre med passagerartrafik från Paldiski och Baltic Scandinavian Line har flyttat sitt ro-pax-fartyg Via Mare till Paldiski Põhjasadam (Paldiski Northern Port). I Lõunasadam anlöper nu endast ro-ro- och ro-pax-fartyg, och passagerare får gå via körrampen. Passagerarterminalen öppnades hösten 2002.