Regeringen och samarbetspartierna har nu presenterat den starkt försenade övergripande transportpropositionen. I propositionen har man tagit till sig en hel del av förslagen från Godstransportdelegationen. Några för sjöfarten viktiga förslag är att lotsningen skall ses över för att med ny teknik bli effektivare, säkrare och mer kundanpassad, att regeringen kommer att utse en förhandlingsman som skall ta fram ett nät av strategiska hamnar samt att ett strategiskt nät av kombiterminaler skall pekas ut. Regeringen öppnar också upp för en översyn av sjöfartens kostnadsansvar för t.ex. isbrytningen i samband med förberedelserna för en kilometerskatt för tunga vägtransporter. Beslut om en sådan kan komma 2007. Man vill också ha en översyn av ansvaret för hållande av farleder som endast fritidssektorn utnyttjar. I dag finansieras detta genom yrkessjöfartens farledsavgifter.Vidare vill regeringen arbeta internationellt för ökad användning av miljödifferentierade farledsavgifter, men det blir ingen energibeskattning av sjöfarten. Regeringen vill också sammankalla sjöfartens parter för att diskutera ytterligare miljöförbättrande åtgärder. När det gäller konkurrensvillkor säger regeringen att ”staten bör säkerställa att den svenskflaggade handelsflottan ges likvärdiga konkurrensvillkor i förhållande till andra EU-länders handelsflottor”.