Den nya regeringen har tagit till sig den mångåriga kritiken mot att det är handelssjöfarten som genom sina avgifter får bekosta merparten av Sjöfartsverkets insatser för fritidsbåtsändamål och sjöräddning. Sjöfartsverkets kostnader för detta har ökat kraftigt efter civil upphandling av helikopterräddningen. I budgeten för 2008 skjuter därför regeringen till över 140 miljoner kronor för att avlasta handelssjöfartens kostnadsbörda och anslaget uppgår nu till 211 miljoner kronor. – Det här är vi glada för, säger Jan-Olof Selén, generaldirektör för Sjöfartsverket till SST. – Det här innebär dels att vi klarar statens förräntningskrav på oss, och dels att vi kan överväga förändringar av avgiftsnivåerna, men det är en fråga för verkets styrelse.Sjöfartsverkets organisation och finansiering ses nu också över i sin helhet. Regeringen har i ett tilläggsdirektiv gett ett betydligt bredare uppdrag till utredningen om den svenska lotsningsverksamheten och utredaren Jonas Bjelfvenstam har fått förlängd utredningstid till 2 maj 2008. Om tonnageskatten skriver man att regeringen avser se över möjligheten att införa ett sådant system, men det finns ingen uppgift om när.