EU-kommissionen har startat en formell utredning av den polska tonnageskatten. I dess nuvarande form kan kommissionen inte godkänna tonnageskattens utformning trots att stöd till sjöfarten i form av tonnageskatt tidigare godkänns för andra nationer.Det är främst fem punkter i det polska systemet som kommissionen ska utreda: att systemet omfattar individer och juridiska personer som är skyldiga att betala personlig inkomstskatt, att dessa personer kan dra av kostnader för sociala avgifter, att kravet på företag att stanna inom systemet med tonnageskatt bara gäller fem år och inte som i andra länder tio år, att systemet obegränsat täcker fartyg som företaget sköter kommersiellt, tekniskt, och bemanningsmässigt för tredje part, samt möjligheten att ta in bogserbåtar och mudderverk under tonnageskatt även om de under mindre än halva året utför tjänster för maritim transport.