Den estniska statskontrollen anser att de avgifter som uppbärs från sjöfarten inte täcker statens kostnader för den. Därför måste man komplettera med inkomster från andra verksamhetsområden eller höja sjöfartsavgifterna. Det behövs dessutom lagändringar för att driva in sjöfartsavgifterna på rätt sätt från alla rederier.Under de senaste tio åren har staten erhållit EEK 1,64 miljarder (EUR 104,8 miljoner) i sjöfartsavgifter, medan kostnaderna för det estniska sjöfartsverket uppgår till EEK 1,57 miljarder (EUR 100,3 miljoner). Efter att lotsningen och därmed även lotsavgifterna överfördes till affärsföretaget AS Eesti Loots år 2002 har sjöfartsavgifterna inte längre täckt kostnaderna.Enligt en utredning från Estniska sjöfartsakademin över avgiftsnivåerna i hamnarna i grannstaterna är de estniska avgifterna lägst på Östersjöns östkust. Bara för tankfartyg är det billigare att gå till Ventspils eller till Primorsk än till en estnisk hamn.